ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合EUの戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－EUを混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちはその本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み因縁の敵・アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる戦闘を見守るレイラだったが突如アキトたちからの連絡が途絶する必死の通信を試みるもアキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける戦力も無く兵士もいないレイラたちの前に聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け圧倒的な攻撃力で迫りくるwZERO部隊が絶体絶命の時首都パリではスマイラス将軍によるクーデターが決行されるEU政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する「レイラは死んだ」シンの絶望レイラの悲しみそしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る