TV版シリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう遊星は時空を超えカードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ねそこで事件の真相を知る2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を合わせパラドックスとの壮絶なデュエルに向かう