正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子坂本真绫配音突然接到巴特松田健一郎配音的报告西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击政府高官和商业巨擎被人杀害在草薙的指挥下九课的石川波玛帕兹巴特等人通力合作将恐怖分子彻底制服但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染在西之内恐怖袭击的同时远郊的水坝发生爆炸案新滨县刑警陀古萨新垣樽助配音传唤水坝管理企业负责人沙特博士对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人受警方高层施压陀古萨没有得到任何有用信息另一方面草薙一方得知恐怖分子的真实身份正是卡尔迪斯的游击队组织两起案件意外联系在一起其背后隐藏怎样的真相                  
                本片根据士郎正宗的原作改编为攻壳机动队前传ARISE的第三部